生物信息广泛涵盖基因组学、蛋白组学、系统生物学、表观遗传、非编码等前沿领域以及药物设 计、基因工程等应用领域。
一:Python生物信息经典案例解析与编程
1、python语言在生物信息学中的应用
2、python语言特点
3、常见的生物信息数据类型及如何与python语言结合
4、Python生物信息使用场景介绍以及经典案例实操演示 (fasta序列的合并; 序列长度的批量计算; 特定序列的提取;文本处理和格式整理;重测序结果vcf的操作;转录组差异基因结果的筛选;多物种基因家族信息的提取和统计;特定基因集合注释的批量添加……)
5、生物信息大数据分析思路
6、相关书籍与资料推荐
7、自学编程经验分享
二:Python语法与案例操作
1、Python的安装及使用
2、Python在linux系统的运行
3、Python程序的运行
4、DOS、Unix命令行操作基本命令
5、Python变量定义、数字及基本运算
6、字符串实例脚本编写(DNA序列的操作)
三:Python语法与经典实例操作
1、列表
2、元组
3、字典
4、排序
5、分位数
6、异常处理
7、经典实例脚本编写 (基因名称与序列的存储、操作)
四:Python语言数据处理技巧与经典实例操作
1、函数、异常处理、
2、正则表达式
3、高通量测序技术类型及组学数据整合技巧
4、经典实例脚本编写 (正则表达式的匹配操作)
五:Python语言编写循环与经典实例操作
1、Python 编写循环
2、二代测序数据挖掘、与python的结合
3、测序数据获得序列号
4、经典实例脚本编写 (循环操作)
六:Python语言处理文件及论文写作技巧
1、文件读取与输出
2、如何使SCI论文更具科学性
3、(如何写作、摘要、Introduction、Results、Discussion如何写作才可以使审稿人眼前 一亮)
4、经典实例脚本编写 (文件操作)
七:Python 经典生物信息学数据处理实例
经典生物信息学数据操作实例巩固练习 (部分基因序列从数据库中的提取、基因注释信息的添加、基因启动子序列的提取、数据的排序、数据格式的转换、批量数据的操作。。。。。)