MRI学习笔记-marsbar和dpabi

​​​​​fMRI小技巧:如何创建兴趣区(Region of Interest, ROI) in AFNI/SPM_哔哩哔哩_bilibilimarsbar定制ROI及基于spm的脑结构ROI分析_哔哩哔哩_bilibiliMarsBar教程_marsbar安装包-CSDN博客以下教程参照以上链接1 marsbar各个界面具体意义介绍View…在结构图像上显示一个或多个ROI。Get SPM clusters使用SPM的显示结果界面去选择并可以保存选择的激活族群作为ROIs。Build提供用于定义ROIs各种方法的界面(使用形状、框、球、激活群集和二进制图像。)Transform提供一个GUI用于组合ROI并将ROI的方向翻转到大脑的右侧或左侧。Import允许将所有SPM激活作为ROI或从群集图像如SPM结果界面中所写入的图像中导入ROI或从ROI定义的图像中导入ROI。Export把ROI写成图像用于其他软件包例如MRIcro。design菜单提供了创建、估计、处理spm/MarsBaR设计。每个选项的含义为Show default design summary在spm图形窗口中显示当前加载的设计摘要。set design from file会让你选择一个.mat的文件并将它加载到MarsBaR中。加载进来的文件会成为默认的designMarsBar将假定您要使用此设计工作除非你通过加载不同的.mat文件来告知它。Save design to file将会保存当前的设计为一个文件。Set design from estimated当marsbar估计一个design时它会将估计的design存储在内存中。有时使用这个估计的design并将其设置为默认设计是有用的以便能够使用这些菜单选项中的各种来检查设计。PET models,FMRI models,and BAsic models将使用SPM设计程序进行设计并将其存储在内存中作为默认设计。Explore运行spm界面用于审查和扫描设计。Frequencieseventdata可用于fmri设计。该选项提供了ROI数据中的频率图和特定fMRI事件的设计回归器。这将允许你选择一个高通滤波器它不会移除设计中的大部分频率但会去除数据中的低频而这些数据通常是由噪声主导的。Add images to FMRI design允许你为尚未包含图像的fMRI设计指定图像。SPM和MarsBar可以在没有图像的情况下创建fMRI设计。如果要使用design提取数据请参见下面您可能希望使用此菜单项将图像添加到设计中。Add/edit filter for FMRI design提供用于指定高通和可能(SPM 99)低通滤波器的菜单选项以及自相关选项(SPM 2及更高版本)。check images in the design查找设计中的图像名称并简单检查磁盘上是否存在这些名称在MATLAB控制台窗口中打印一条消息。使用保存的SPM设计的一个常见问题是设计中指定的图像已经移动或删除。此选项是查看已发生的有用检查。Change path to image允许您更改保存在SPM设计中的图像文件名的路径以处理自设计保存以来图像已移动的情况。Convert to unsmoothed获取设计中的图像名称并对它们进行更改以便它们引用相同图像的未平滑版本–实际上它只是从文件名中删除了“s”前缀。当您想要使用最初运行在平滑图像上的spm设计时这是非常有用的但是您的ROI非常精确因此您希望避免对平滑的数据运行ROI分析。在你的ROI中模糊不想要的信号。Extract ROI data(default)获取一个或多个ROI文件和设计并在设计中的所有图像中提取ROI内的数据。对于默认设计MarsBar将数据存储在内存中以便进一步使用。Extract ROI data(full options)允许您指定要从其中提取数据的任何图像集并将为您提供用于提取数据的所有图像缩放选项。Default region…当您为多个ROI提取数据时这将非常有用。在这个例子里您可能需要限制绘图功能(下面)只查看其中一个区域 您可以设置与此选项一起使用的区域。如果您没有指定Mars BaR将假设您想查看所有区域。Plot data(simple)绘制ROI数据到SPM图形窗口的时间历程曲线。绘图数据完整具有用于在绘图之前使用SPM设计过滤器过滤数据的选项以及其他类型的绘制图例如作为自相关系数的频率曲线或曲线。Import data允许您导入用于从MATLAB、文本文件或电子表格进行分析的数据。同理Export data可以将数据导出到MATLAB变量、文本文件或电子表格。Split regions into files在您从多个ROI中提取数据的情况下是有用的但您要使用来自这些ROI中的一个ROI的数据进行估计。Merge data files 通过将一系列ROI数据文件与多个ROI数据文件一起转换成一组数据从而逆转上述拆分文件的过程。Set data from file将向MarsBar请求一个数据文件默认后缀_mdata.mat并将其加载到内存中作为当前数据集。Save data to file将将当前数据集保存到MarsBar数据文件中。Show data summary将一些摘要文本输出到SPM图形窗口。Estimate results采用默认设计和ROI数据并估计模型。MarsBar将所估计的结果存储在内存中作为要估计的设计。Import contrasts提供一个界面供您从其他分析中选择对比并将它们导入当前分析的对比列表中。Refresh F contrasts如果已将MarsBar设置为不刷新F对比度请参阅选项StatisticLoad updates F contrasts那么可以使用此菜单选项刷新对比度。Add trial specific F将为每个试验和每个部分添加F对比度如果没有的话。Default contrast将设置一个对比度作为此菜单上其他选项去默认使用例如marsbar SPM图形的绘图功能。Default region适用于当前结果有多个区域的情况。它将从数据中选择一个区域以用于分析和绘图。Plot residuals从模型中提出各种残差图以检查是否违反了假设或主要的异常值。MarsBaR SPM graph使用SPM绘图函数绘制参数估计、拟合和调整响应、事件或块相关响应估计等的对比图。Statistic table显示所选对比的各种统计数据。% signal change将会显示单个事件的百分比信号变化的估计值。Set results from file允许您选择要查看的结果。当您在marsbar中估计模型时程序将自动将新结果设置为“结果”菜单的最新结果。如果你想分析一些其他的MarsBar结果您可以使用此选项来选择和加载其他分析文件。marsbar估计结果的默认文件后缀是_mres.mat。Save results to file将当前估计结果包括用于估计的数据保存到磁盘上。2 marsbar根据AAL模板定义ROI2.1AAL3相关链接各脑区对应的excel链接https://pan.baidu.com/s/1BGIxdcWtVPL-B7aQBXQ2tA?pwduo99提取码uo99AAL3v1https://www.gin.cnrs.fr/en/tools/aal/2.2运行marsbar下载marsbar添加到matlab路径中运行marsbarmarsbar https://sourceforge.net/projects/marsbar/files/marsbar/ https://marsbar-toolbox.github.io/index.html#2.3根据AAL模板定义ROI2.3.1生成所有ROI的文件步骤③AAL3是由170个数字组成的因此选择number labelled ROI image步骤④找到AAL3所在位置并选择AAL3v1_1mm.nii,1步骤⑥接着弹出保存ROIs的框在该界面选择保存ROIs的文件夹注一定要在右边这个框选择最后一个文件夹后点击Done步骤⑧保存ROI的名字保持默认的是就行2.3.2合并自己需要的ROI可以不做根据AAL3的excel表格选择需要的脑区的编号这里选取双侧额下回7-10marsbar中的操作步骤②找到3.1步骤⑥保存文件的路径选择需要的ROI文件步骤④合并所需ROI步骤⑥选择需要合并的ROI步骤⑧合并ROIs的函数| 这个符号是取并集 这个符号是取交集~ 这个符号是减掉步骤⑨ROI的描述保持默认就行步骤⑩保存ROI的名字步骤11选择保存ROI的路径步骤12点击view回看步骤同2.3.2的步骤①到③2.3.3保存生成的ROI为nii图像可以不做nii格式和mat格式转化只针对功能磁共振成像_nii文件转mat文件-CSDN博客步骤③选择3.2步骤11生成的.mat文件步骤⑥选择保存图像的路径步骤⑧保存文件名查看生成的图像2.3.4提取感兴趣区的激活值步骤①-③选择想要提取激活值的对比的SPM.mat步骤④-⑩选择感兴趣区并保存ROI的信息步骤11-保存激活值到txt文件每个ROI的激活值14个ROI(列27名被试行ROI顺序对应步骤⑩保存的figure使用SPM提取的方法最后面有视频提取出的结果同上(但是脚本提取的不一样)SPM 教程 #9 ROI 分析 — Andys Brain Book 1.0 文档3 marsbar根据坐标为圆心做球型ROI步骤③输入坐标步骤④半径大小步骤⑤描述保持默认步骤⑥保存ROI的名字步骤⑦选择保存ROI的路径步骤⑧点击view回看步骤同2.3.2的步骤①到③保存生成的ROI为nii图像见上文3.3。4 marsbar根据激活图创建ROI4.1选择二阶分析后的对比结果文件步骤⑥to⑧按照自己的需要填写4.2选取某脑区的峰值点生成ROI文件步骤11-14ROI保存的描述、名字和路径4.3保存所有的激活图作为ROI4.4提取感兴趣区的激活值见2.3.45 SPM中只保留ROI中的激活SPM → ImCalcIuput Images:选择fMRI_4D.nii作为输入图像Input Images。选择ROI_mask.nii作为第二输入或直接在表达式中引用。Output Filename:例如fMRI_ROI.niiExpression:i1.*i2 (i1代表fMRI数据i2代表掩模)Run6 wfu_pickatlas定义ROIWFU Pick Atlas手摁手安装_wfupickatlas-CSDN博客制作指定脑区的maks(包括重采样)_wfu pickatlas-CSDN博客7 dpabi提取感兴趣区的激活值7.1总教程DPABI之fMRI的ROI信息提取 - z_s_s - 博客园7.2ROI重采样ROI需要需要使用重采样后的.nii图像这一步在建立ROI的图像后完成在spm中报错的话使用下面scriptmatlabbatch{1}.spm.spatial.coreg.write.ref {D:\LLYdata\exp_handfoot\data_fmri\M11\data01_1st\1\con_0050.nii,1};%模版图像 matlabbatch{1}.spm.spatial.coreg.write.source {D:\LLYdata\ROI\STN_L_prob_mni_linear_young_-10_-14_-6.nii,1};%选择需要改变大小的图像 matlabbatch{1}.spm.spatial.coreg.write.roptions.interp 4; matlabbatch{1}.spm.spatial.coreg.write.roptions.wrap [0 0 0]; matlabbatch{1}.spm.spatial.coreg.write.roptions.mask 0; matlabbatch{1}.spm.spatial.coreg.write.roptions.prefix r; spm_jobman(run,matlabbatch);批量进行ROI重采样脚本clc; clear; % 初始化 SPM spm(defaults, FMRI); spm_jobman(initcfg); % 参考图像 ref_img {D:\文件\motor planning\exp_handfoot\data_fmri\M11\data01_1st\1\con_0011.nii,1}; % ROI 文件夹 roi_dir D:\文件\motor planning\exp_handfoot\data_fmri\M11\data05_MultipleRegression_2\SS-nullcueROI_8mm\ROI\roi; % 读取该文件夹下所有 nii 文件 nii_files dir(fullfile(roi_dir, *.nii)); % 检查是否找到文件 if isempty(nii_files) error(在路径 %s 下未找到 .nii 文件, roi_dir); end % 构建 source 列表SPM 需要 cell 格式并带 ,1 source_imgs cell(length(nii_files), 1); for i 1:length(nii_files) source_imgs{i} fullfile(roi_dir, nii_files(i).name); source_imgs{i} [source_imgs{i} ,1]; end % 构建 batch matlabbatch []; matlabbatch{1}.spm.spatial.coreg.write.ref ref_img; % 模板图像 matlabbatch{1}.spm.spatial.coreg.write.source source_imgs; % 所有待处理 nii matlabbatch{1}.spm.spatial.coreg.write.roptions.interp 4; matlabbatch{1}.spm.spatial.coreg.write.roptions.wrap [0 0 0]; matlabbatch{1}.spm.spatial.coreg.write.roptions.mask 0; matlabbatch{1}.spm.spatial.coreg.write.roptions.prefix r; % 运行 spm_jobman(run, matlabbatch);运行后会生成一个以r为开头的nii图像如rSTN_L_prob_mni_linear_young_-10_-14_-6.nii保存在D:\LLYdata\ROI路径下7.3选取ROI用于补充7.1教程结尾没有呈现的部分Define ROI → 选右边的Sphere或Mask.mat格式7.4结果提取后生成的文件ROI的激活值在ROISignals_ROISignal_1.txt每一行为每个被试每一列为ROI。ROI对应顺序可以在ROI_OrderKey_ROISignal_1.tsv中看到txt打开即可。