这个帖子是个人摸索出来的临时解决办法，相信随着时代进步和发展，这个问题会得到官方妥善解决。
Wayland要求比较严格，搞双标，只对部分应用放开截屏权限。
首先根据官方教程编译Flameshot安装到/opt/flameshot。
然后有如下桌面自定义文件~/.local/share/applications/flameshot.desktop应对如下，解决Wayland会话下Flameshot无法(权限)截图问题。
[Desktop Entry]
Type=Application
Name=Flameshot
GenericName=Screenshot Tool
Comment=Powerful screenshot tool
Exec=sh -c 'QT_QPA_PLATFORM=${XDG_SESSION_TYPE:+"$([ "$XDG_SESSION_TYPE" = wayland ] && echo wayland || echo xcb)"} flameshot'
Icon=/opt/flameshot/share/icons/hicolor/scalable/apps/flameshot.svg
Terminal=false
Categories=Utility;Graphics;
StartupNotify=true
Actions=Gui[Desktop Action Gui]
Name=Take Screenshot
Exec=sh -c 'QT_QPA_PLATFORM=${XDG_SESSION_TYPE:+"$([ "$XDG_SESSION_TYPE" = wayland ] && echo wayland || echo xcb)"} flameshot gui'
GNOME系统设置取消Prtsc交互式截图快捷键，自定义新的PrtSc快捷命令如下:
sh -c 'QT_QPA_PLATFORM=${XDG_SESSION_TYPE:+"$([ "$XDG_SESSION_TYPE" = wayland ] && echo wayland || echo xcb)"} flameshot gui'
这样，wayland会话以及xorg会话都可以使用Flameshot。