mask是把要研究的区域单独拿出来做成图像文件，一般是个2值文件，为了达到好的处理效果，MASK做的越小越好。
template是为了研究方便，有人把全脑或者脑白质、灰质以及脑积液信息单独拿出来，在一定的分辨率下做成的图像文件，可以根据研究的需要，利用这些文件选择一定的阈值或条件制作MASK。
altlas是一些研究机构用大量的人脑数据，根据一定的算法处理后得到的标准的人脑图像，比较有代表性的有MNI发布的一些图像，如将人脑大脑的左右半球各分为45个区的AAL90等。
mask与ROI：我认为这两个词的意思基本上是一样的。似乎我们不感兴趣的区域就mask掉，感兴趣的区域就是region of interest；
template好像一个标准的模板的意思。比如说，显示结果的时候，许多人用ch2做为underlay，可以称其为template；再比如，空间配准的时候，将每个人的结构像或者功能像配准到一个标准的template。